Extension de la plateforme CYTOMINE pour des images multi-dimensionnelles

Nous développons une plate-forme web de visualisation, d'annotation et d'analyse de grandes images biologiques (plusieurs dizaines de milliers de pixels de haut et de large). Elle repose sur des technologies web modernes et intègre nos algorithmes récents d'analyse d'images basés sur l'apprentissage automatique.

Actuellement cette plate-forme permet de traiter des images 2D en très haute-résolution, de manière similaire à Google Maps. Le but du travail est d'étendre la plate-forme pour des images multi-dimensionnelles (3D, …).

Ce travail impliquera une première analyse de librairies existantes susceptibles d'être utiles dans ce contexte (voir ci-dessous, p.ex. Woolz IIP et BioFormats), leur intégration, et la modification du modèle de données de la plate-forme Cytomine.

Dans un second temps, l'étudiant pourra proposer d'étendre un algorithme de reconnaissance d'images pour mieux tirer profit de l'information 3D, dans le contexte d'études sur le cancer à partir d'images de tissus de poumons.



Profil

Nous recherchons un étudiant motivé par le développement d'applications web/bd, les gros volumes de données, l'imagerie, l'apprentissage automatique (arbres de décision) pour l'analyse d'images, et concerné par l'utilité pratique de son travail et de son code. L'étudiant pourra réaliser son travail au sein de l'équipe au GIGA et bénéficier de son infrastructure informatique de pointe.

Bibliographie

Renseignements