Comptage de cellules à haut-débit

Nous développons une plate-forme web de visualisation, d'annotation et d'analyse de grandes images biologiques (plusieurs dizaines de milliers de pixels de haut et de large). Elle repose sur des technologies web modernes et intègre nos algorithmes récents d'analyse d'images basés sur l'apprentissage automatique.

Le but de ce travail est d'intégrer des algorithmes de comptage de cellules à cette plate-forme, et d'implémenter ceux-ci de manière efficace de manière à permettre le comptage rapide de centaines de milliers de cellules présent sur de grandes images en recherche biomédicale. Actuellement, ces comptages sont réalisés manuellement sur des sous-échantillons de cellules et une automatisation devrait permettre un gain de temps important et une meilleure précision.

L'étudiant pourra proposer de nouveaux algorithmes de comptage, il pourra également s'inspirer d'un précédent travail de fin d'études utilisant des algorithmes classiques de traitement d'images (ex.: Watershed) et d'apprentissage automatique (ex.: arbres de décision) dont il devrait systématiser l'évaluation et étendre l'approche à plusieurs types de cellules.



Profil

Nous recherchons un étudiant motivé par l'analyse d'images et l'apprentissage automatique, les gros volumes de données, et concerné par l'utilité pratique de son travail et de son code. L'étudiant pourra réaliser son travail au sein de l'équipe au GIGA et bénéficier de son infrastructure informatique de pointe.

Bibliographie

Renseignements